В соответствии с Военной доктриной Киргизской Республики (утверждена Решением Совета безопасности КР в марте 2002 г.) главной целью военного строительства является создание небольших, компактных и мобильных Вооруженных Сил, оснащенных современным вооружением, военной техникой, обеспеченных материальными средствами для ведения военных действий в условиях высокогорья, способных в короткие сроки гарантированно обеспечить защиту территориальной целостности, конституционного строя, суверенитета государства и его граждан.
Главнокомандующим Вооруженными Силами является Президент Киргизской Республики. Центральным органом государственного управления Вооруженными Силами является Министерство обороны. Его Главный штаб - основной орган оперативного управления Вооруженными Силами.
Вооруженные Силы КР в мирное и военное время состоят из органов политического, военного управления, соединений, частей и учреждений Министерства обороны, Министерства экологии и чрезвычайных ситуаций, Внутренних войск МВД, Национальной гвардии, Пограничной службы, Службы национальной безопасности, Службы государственной охраны и органов военной юстиции. В структуре Вооруженных Сил КР создаются силы общего назначения, быстрого развертывания, немедленного реагирования и охраны государственной границы.
Установлены двусторонние военные связи с 18 странами мира. Республика участвует в военном сотрудничестве и обмене информацией в рамках СНГ и ОДКБ, осуществляет международное военное сотрудничество со странами Шанхайской организации сотрудничества и с НАТО в рамках программы "Партнерство ради мира".

Численность Вооруженных сил Киргизии – 15 тыс. человек, в том числе внутренние войска МВД (3600 человек) и Национальной гвардии (около 1500). Киргизская армия разделена на Северную и Южную группировки войск.

Северная группировка .Мотострелковая дивизия, отдельная мотострелковая бригада, зенитно-ракетный полк, прикрывающий столицу и аэродром базирования авиаполка, два отдельных пулеметно–артиллерийских батальона, один пограничный отряд и пограничная комендатура. В полосе Северной группировки дислоцируются военно-воздушные базы США (Ганси) и России (Кант).

Южная группировка Горнострелковая бригада (состоящая из горнострелковых батальонов), отдельный пулеметно–артиллерийский батальон, четыре пограничных отрада. Полоса ответственности группировки — Ошская долина. С 1999 г. группировка выполняла задачи по уничтожению незаконных формирований, вторгнувшихся на территорию Баткенской и Джалабадской областей.

Сухопутные войска Сокращенная восьмая мотострелковая дивизия на Иссык-Куле, первая горнострелковая бригада, дислоцирующаяся в Оше, вторая отдельная мотострелковая бригада, дислоцированная под Бишкеком в Кой-Таше, а также три пулеметно-артиллерийских батальона. На вооружении 220 танков, 419 бронетранспортеров и боевых машин пехоты, 260 орудий и минометов, 16 реактивных систем залпового огня «Град».

Авиация Отдельный смешанный авиационный полк (59 МИГ-21 и МИГ-24). Вертолетная эскадрилья (32 вертолета, из которых 15 боевых и 17 транспортных). Аэродромы базирования – Кант и Бишкек. ПВО Зенитно-артиллерийская бригада и зенитно-артиллерийский полк, на вооружении которых два дивизиона С-175 и четыре дивизиона С-75 (Бишкек), а также 90 зенитных пушек (Ош).

Служба национальной безопасности Около 3000 человек. В составе службы действует отдел боевых операций (ранее антитеррористической подразделение «Альфа»). Ныне вместо Альфы, спецназ - "Скорпион", считается самым боеспособным соединением киргизской армии.

Пограничные войска 3,5 тыс. человек. Пять погранотрядов, из которых четыре дислоцируются на юге республики, а пятый — на севере.

Части и подразделения Министерства экологии и чрезвычайных ситуаций Численность около 2 тыс. человек. Предназначены для действий в условиях стихийных бедствиях, эпидемий, крупных аварий и катастроф, а также при фактическом начале военных действий.